Согласно учению II Ватиканского Собора и другим указаниям Учительства Церкви, кандидаты к священству должны получить в семинарии основательную человеческую, духовную, интеллектуальную и пастырскую формацию.
По решению Конференции Епископов РФ, кандидаты в семинарию, как правило, проходят двухлетнюю подготовку в предсеминарии в Новосибирске. Там они получают первый опыт жизни в общине и знакомятся с основами духовной жизни, а также приобретают необходимые общегуманитарные знания.
Подготовка в Высшей духовной семинарии продолжается семь лет. Традиционно это время разделяется на период изучения философских дисциплин (два года) и период изучения богословия (четыре года). После пятого курса семинаристы, как правило, проходят годовую пастырскую практику в приходе, во время которой они более близко знакомятся с жизнью общины и деятельностью приходских священников.
Кроме того, за время обучения семинаристы получают различные обязанности и служения в Церкви, о которых вкратце рассказано в нижеприведенных статьях.