Межъепархиальная семинария «Мария — Царица Апостолов» управляется Конференцией Епископов, Председателем которой, на данный момент, является Епископ Иосиф Верт.
Главным руководителем семинарии является Ректор, на которого возложена ответственность по непосредственному управлению и согласованию работы с Конференцией Епископов.
Ректор семинарии:
о. Пьетро Скалини
Администратор:
о. Маркус Новотны
Префект по воспитательной работе:
о. Бонавентура Корантен Нтонтас
Префект по научной работе:
о. Якуб Блащишин
И.О. духовного отца
о. Мариано Седано Сиерра