Семинария в Санкт-Петербурге была основана в 1879 году, и просуществовала до 1918 года, когда была закрыта советским режимом.Возрождённая Высшая духовная семинария, порученная покровительству Марии - Царицы Апостолов, вновь была открыта в  Москве 29 июня 1993 года, а в 1995 году она была переведена в Санкт-Петербург в своё историческое здание.Среди выпускников Семинарии история помнит многих выдающихся иерархов Католической Церкви, а также мучеников, пострадавших за веру во времена гонений на Церковь. Особо необходимо выделить исповедника веры, причисленного Церковью к лику святых, архиепископа Зигмунта Щенского Фелинского, отдавшего жизнь за веру прелата Константина Будкевича, Антония Малецкого и многих других, в отношении которых также ведётся процесс о причислении к лику блаженных. В дело возрождения и развития Семинарии после периода преследований огромный вклад внёс монсеньор Бернардо Антонини, ректор Семинарии в 1993 - 1999 годах, в отношении которого также начат процесс беатификации.